Les obligations comptables des professionnels de santé : tout ce qu’il faut savoir

En 2026, les professionnels de santé doivent respecter des obligations comptables précises. Découvrez les règles à suivre pour assurer une gestion comptable efficace et éviter les sanctions.

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Pour 2026, deux données clés méritent votre attention, souvent peu mises en avant :

DEPUIS LE 1er janvier 2026

Ce qui change pour le régime micro-BNC

Loi de finances 2026

Seuils du régime micro-BNC revalorisés

Pour les professionnels libéraux, notamment dans la santé

Taux de cotisations sociales

25,6 %

Micro-BNC libéral, hors Cipav, depuis le 1ᵉʳ janvier 2026

Concrètement, pour un médecin ou kiné exerçant en libéral, ce sont deux facteurs à anticiper : le régime fiscal/comptable applicable et le coût social lié à l’activité.

Grâce à cet article, vous allez comprendre les obligations comptables des professionnels de santé en 2026, savoir quel régime vous concerne, et comment structurer votre gestion.

Imaginez : vous venez d’ouvrir votre cabinet ou d’élargir votre activité ; les patients affluent, mais derrière vous le téléphone sonne, les factures s’accumulent, et vous vous demandez : « Quelles sont vraiment les obligations comptables des professionnels de santé ? ». Dans un environnement où les règles évoluent, notamment pour 2026, il est essentiel de maîtriser vos obligations comptables. Nous verrons quel régime s’applique, quels documents tenir, quelles déclarations remplir, et comment assurer votre gestion pour être serein.

Quel régime comptable et fiscal pour un professionnel de santé ?

Statut juridique, régime fiscal et conséquences

Selon que vous exercez en nom propre ou en société (ex. SELARL, SELAS), vos obligations changent.

En entreprise individuelle (libéral), vous relevez souvent du régime des BNC (Bénéfices Non Commerciaux).
En société, vous avez une comptabilité « commerciale » ou d’engagement, avec un dépôt des comptes, et un bilan, comme une entreprise classique.

Le choix de la structure a un impact direct : obligations comptables plus lourdes en société, et possibilité d’imposition à l’Impôt sur les Sociétés (IS) selon statut.

Le régime micro‑BNC ou la déclaration contrôlée ?

Voici un tableau récapitulatif :

Régime	Description	Avantages	Inconvénients
Régime micro-BNC (Bénéfices Non Commerciaux)	Destiné aux professionnels de santé dont les revenus annuels ne dépassent pas 83 600 € (seuil applicable pour 2026-2028).	Simplifie les démarches en offrant un abattement forfaitaire de 34 % sur les recettes pour couvrir les frais professionnels.	Ne permet pas de déduire les charges réelles, ce qui peut être un inconvénient si les dépenses sont élevées.
Régime de la déclaration contrôlée	Obligation pour les professionnels de santé dont les revenus dépassent le seuil de 83 600 €.	Permet de déduire les frais réels (loyers, matériel médical, déplacements, etc.), ce qui peut réduire l’assiette imposable.	Implique une comptabilité plus rigoureuse et complexe.

💡 Un kinésithérapeute indépendant avec peu de charges pourrait rester en micro‑BNC. Mais s’il investit dans du matériel lourd, une déclaration contrôlée sera probablement plus avantageuse.

Ce qui change pour 2026

La loi de finances pour 2026 revalorise le seuil du régime micro‑BNC, désormais fixé à 83 600 € pour la période 2026‑2028 (contre 77 700 € auparavant). Les seuils de la franchise en base de TVA, eux, restent inchangés : 37 500 € pour les prestations de services (41 250 € en seuil majoré) et 85 000 € pour les activités de vente (93 500 € en seuil majoré), le projet de seuil unique à 25 000 € envisagé un temps a été abandonné.

Côté social, les cotisations des travailleurs non‑salariés libéraux relevant des BNC (hors Cipav) sont passées à 25,6 % au 1ᵉʳ janvier 2026 (contre 24,6 % en 2025) ; les professionnels rattachés à la Cipav (dont plusieurs professions de santé non conventionnées) relèvent d’un taux distinct de 23,2 %. Vous devez intégrer ces éléments dans votre stratégie comptable : niveau de recettes, investissement, forme juridique, caisse de rattachement.

Les documents comptables obligatoires d’un professionnel de santé

Tenue des livres, registres et conservation des pièces

Quel que soit votre régime, micro‑BNC ou déclaration contrôlée, en nom propre ou en société, vous êtes tenu de respecter un certain formalisme comptable. Il ne s’agit pas simplement de « garder quelques factures » : ces obligations documentaires ont une vraie portée légale et fiscale.

Voici les règles essentielles à retenir :

Conservation des pièces comptables : toutes vos factures, justificatifs de dépenses, relevés bancaires, notes d’honoraires, bordereaux de versement, etc., doivent être conservés pendant 10 ans à compter de la clôture de l’exercice, conformément à l’article L123‑22 du Code de commerce. Sur le plan strictement fiscal, l’administration peut exercer son droit de contrôle pendant 6 ans (article L102 B du Livre des procédures fiscales) : conserver 10 ans reste la règle la plus prudente, puisqu’elle couvre les deux délais.

Si vous exercez en libéral (régime BNC) :

Livre des recettes obligatoire : il doit mentionner, jour après jour, toutes les recettes encaissées (dates, montants, nature, identité du patient ou de la caisse).
Livre des achats : facultatif en micro‑BNC, mais obligatoire en déclaration contrôlée si vous enregistrez des charges (matériel, prestations, fournitures).

Si vous exercez en société ou en comptabilité d’engagement (BIC ou IS) :

Vous devez tenir une comptabilité complète, avec :
- Un livre‑journal récapitulant toutes les opérations par ordre chronologique
- Un grand livre reprenant chaque compte utilisé dans vos écritures.
- Un inventaire annuel de vos éléments d’actif (matériel, immobilisations) et de passif.
- Un registre des immobilisations et amortissements, essentiel pour calculer les dotations.

💡 Astuce KER

Une simple erreur dans la numérotation de vos factures, une écriture tardive ou une perte de justificatif peut suffire à remettre en cause la validité de votre comptabilité. Un bon classement digital est souvent plus sûr qu’une pile de papiers.

Des plateformes de comptabilité en ligne comme Pennylane permettent de centraliser vos factures, suivre vos dépenses en temps réel et collaborer efficacement avec votre expert-comptable, ce ne sont pas des outils spécifiques aux professions de santé, mais elles s’adaptent bien à un cabinet médical ou paramédical.

Facturation, TVA et exonérations spécifiques

Pour les professionnels de santé, la question de la TVA ne se résume pas à « je suis médecin, donc je ne la facture pas ». C’est un peu plus subtil que ça.

Voici ce qu’il faut retenir :

Les soins à finalité thérapeutique sont exonérés de TVA, conformément à l’article 261‑4‑1° du Code général des impôts (CGI). Le critère déterminant est la nature thérapeutique de l’acte, réalisé par un professionnel de santé réglementé (médecin, sage-femme, auxiliaire médical…) et non le fait que la prestation soit ou non remboursée par l’assurance maladie. Un acte thérapeutique non remboursé (certains actes d’ostéopathie par exemple) peut ainsi rester exonéré, tandis qu’une prestation remboursée mais dépourvue de finalité thérapeutique ne le serait pas.
Dès que vous sortez du champ thérapeutique, la TVA peut s’appliquer.
- Vente de produits parapharmaceutiques ou cosmétiques au cabinet.
- Prestations de confort (massages non médicaux, coaching bien‑être).
- Formations, bilans ou expertises non liés à un diagnostic ou traitement.

👉 À retenir

Vous devez alors vous immatriculer à la TVA, tenir un journal spécifique, appliquer le bon taux (souvent 20 %) et reverser cette taxe à l’administration. En cas de doute, mieux vaut consulter un expert pour éviter un redressement.

Vos factures doivent respecter un formalisme précis. Elles doivent comporter :
- Votre nom et prénom, ou la dénomination de votre société.
- Votre numéro SIRET ou SIREN.
- La date d’émission.
- Le détail de la prestation fournie (type de soin, consultation, produit).
- Le montant TTC et, si TVA applicable, le taux et le montant de TVA.

Exemple concret

Un ostéopathe qui vend des huiles essentielles

Consultations

Exonérées de TVA

Activité de soin

Vente d’huiles essentielles

Soumise à TVA

Activité commerciale

Il lui faudra donc distinguer ces deux types d’activités dans sa comptabilité, et tenir une gestion rigoureuse.

Déclaration des résultats et liasse fiscale

Vos obligations déclaratives dépendent de votre régime fiscal :

Professionnel libéral en nom propre :
- Micro‑BNC : remplissage de la déclaration 2042 C PRO, avec montant brut des recettes. L’administration applique automatiquement un abattement de 34 %.
- Déclaration contrôlée : dépôt de la déclaration 2035, qui détaille recettes, charges, amortissements, et résultat net.
Exercice en société (SELARL, SELAS…) :
- Dépôt d’une liasse fiscale complète, incluant bilan, compte de résultat et annexes. Cette déclaration est plus technique et nécessite un suivi comptable rigoureux.

Gestion quotidienne et bonnes pratiques pour rester conforme

Organiser la comptabilité comme le pilotage de votre activité

L’utilisation d’un logiciel de comptabilité permet de simplifier la gestion financière des professionnels de santé. Ces outils sont conçus pour automatiser certaines tâches comptables, réduire les risques d’erreurs et garantir la conformité avec les réglementations.

Fonctionnalités des logiciels de comptabilité pour les professions libérales : enregistrement automatique des recettes et dépenses, génération des déclarations fiscales, suivi des immobilisations, gestion des paiements et des créances.
Exemple d’outil : Pennylane est une plateforme de comptabilité en ligne généraliste, utilisée par de nombreux cabinets médicaux et paramédicaux pour centraliser leur gestion.

Les logiciels de comptabilité permettent non seulement de gagner du temps, mais aussi d’assurer une gestion conforme et optimisée.

Quand changer de régime ? Micro vs déclaration contrôlée

Posez-vous une question simple :

Vos charges dépassent‑elles 34 % de vos recettes ?

Si oui, la déclaration contrôlée est souvent plus avantageuse, car elle permet de déduire vos charges réelles.

Vous investissez dans du matériel ou un local ?

Le régime réel (déclaration contrôlée) vous permet d’amortir ces dépenses, ce qui réduit mécaniquement votre bénéfice imposable.

💡 Conseil KER

Faites une simulation avec votre expert-comptable pour choisir le régime le plus adapté à votre situation réelle.

Anticipation 2026 : les points à surveiller

L’année 2026 apporte plusieurs changements réglementaires et fiscaux pour les professionnels de santé libéraux. Voici les principaux points à surveiller :

Seuil du micro‑BNC : nouveau plafond à 83 600 €.
Le seuil du régime micro‑BNC est désormais fixé à 83 600 € pour la période 2026‑2028. Si vous vous rapprochez de ce seuil, suivez attentivement vos recettes mensuelles : le dépasser vous fera automatiquement basculer vers la déclaration contrôlée, avec des obligations comptables renforcées.
Hausse des cotisations sociales : un impact direct sur votre trésorerie. Depuis le 1ᵉʳ janvier 2026, les cotisations sociales des professions libérales en micro‑entreprise relevant des BNC (hors Cipav) sont passées à 25,6 % (contre 24,6 % en 2025). Cette hausse n’est pas anodine : elle réduit votre revenu net disponible. Pour ceux qui frôlent les 30 000 ou 40 000 € de recettes, cela représente plusieurs centaines d’euros en moins par an.
TVA : soyez vigilant en cas d’activités annexes. Vous réalisez des ventes de produits (compléments, matériel, cosmétiques) ou proposez des prestations non thérapeutiques (soins esthétiques, ateliers bien‑être) ? Ces activités peuvent tomber dans le champ de la TVA, même si votre activité principale est exonérée.
Tenue comptable : le respect des règles n’est pas optionnel. L’administration fiscale est de plus en plus vigilante, même envers les petites structures. Une comptabilité irrégulière ou incomplète peut entraîner :
- des majorations de 10 à 80 %,
- des intérêts de retard,
- voire des redressements en cas de contrôle.

En résumé

Chez KER, nous mettons en place des outils de suivi et des alertes personnalisées pour éviter les mauvaises surprises et faire évoluer votre structure au bon moment.

Les obligations comptables des professionnels de santé ne sont pas là pour vous compliquer la vie. Bien gérées, elles vous permettent de piloter votre activité, d’éviter les erreurs et d’anticiper les changements à venir, notamment en 2026.